AFP:n eli alfafetoproteiinin kliininen merkitys riippuu kontekstista, jossa sitä mitataan. Tässä on joitain AFP:n tärkeimmistä kliinisistä merkityksistä:
1. Seerumin AFP-pitoisuuden toteaminen lapsilla: lisääntynyt AFP-pitoisuus maksasyövän, hepatoblastooman, sukurauhasten oblastooman, hepatiittien jne.
2. Seerumin AFP-pitoisuuden havaitseminen aikuisilla: AFP-pitoisuus on lisääntynyt 60–70 prosentilla potilaista, joilla on primaarinen maksasyövä, sekä potilailla, joilla on kivessyöpä, munasarjasyöpä, pahanlaatuinen teratoma, haimasyöpä, mahasyöpä, suolistosyöpä ja keuhkosyöpä.
3. Potilailla, joilla oli hyvänlaatuinen maksasairaus, kuten akuutti ja krooninen hepatiitti ja kirroosi, seerumin AFP-tasot nousivat vaihtelevasti, mutta suurin osa niistä oli alle 1000 ug/L, mikä liittyi maksasolujen nekroosin ja regeneraation asteeseen.
4. AFP:n nousu hyvänlaatuisissa maksasairaudissa on ohimenevää ja kestää 2-3 viikkoa. Pahanlaatuiset kasvaimet ovat jatkuvasti lisääntyneet. Siksi seerumin AFP-pitoisuuden dynaaminen tarkkailu ei voi ainoastaan erottaa hyvänlaatuista maksasairautta pahanlaatuisesta maksasairaudesta, vaan myös diagnosoida maksasyövän varhaisessa vaiheessa.
5. Fysiologisissa olosuhteissa alfafetoproteiinia erittävät vastasyntyneen naiivit hepatosyytit, kun taas sikiön maksasolut eivät ole täysin kehittyneet (erilaistuneet). Erittyvän alfafetoproteiinin määrä on suuri, ja se voi päästä äidin vereen napanuoraveren kautta, joten raskaana olevilla naisilla raskauden aikana on alfafetoproteiini positiivinen.